Comparatif 2025 : quel logiciel de comptabilité choisir en Suisse (PME, indépendants, startups) ?

Écrit par Sequence
en 2 min. de lecture
22 sept. 2025 14:52:38

Si vous êtes une PME, un indépendant ou une startup en Suisse, trouver le bon outil peut vous faire gagner des heures et éviter des erreurs coûteuses. Dans ce guide 2025, on compare Bexio, Sequence et Winbiz : avec tarifs, forces, limites et cas d’usage concrets.

 

Comment choisir un bon logiciel comptable ?

Avant d’investir, vérifiez :

  • Conformité suisse : TVA (TVA = MWST/TVA), formulaires OFAS/AFC, spécificités cantonales.

  • Automatisation : réduction des saisies manuelles, réconciliations bancaires.

  • Ergonomie : interface claire, même sans formation comptable.

  • Support : réactif, francophone, basé en Suisse si possible.

  • Intégrations : e-banking, e-facturation, API, export fiduciaire.

  • Prix & évolutivité : payez ce dont vous avez besoin, sans surprises.

Conseil pratique : profitez des essais gratuits/démos avant de vous engager.

Comparatif rapide des 3 meilleurs logiciels comptables en Suisse (2025)

  Bexio Sequence  Winbiz
 Prix mensuel
  • Starter CHF 35
  • Pro CHF 65
  • Pro+ CHF 115 
  • Indépendants CHF 29.90
  • Startups CHF 49.90
  • PME CHF 89.90
  • Cloud CHF 71
  • Local CHF 35.50 par accès
 Démo  Essai gratuit 30 jours  Essai gratuit 14 jours  Démo sur demande
 Automatisation  Facturation, banque, projets  Élevée (IA) : scans, TVA, timesheet, facture  Basique à moyenne
 TVA suisse  Gestion conforme & formulaires FTA  Automatisée (TVA & taxes)  Décomptes TVA inclus
 Paie   Paie en option (barèmes, impôt source)  Module RH/paie dans les plans supérieurs / certifié Swissdec  Swissdec (certifié)
 Intégrations   120+ apps & e-banking  API/portails (en développement)  App Store d’extensions
 Mobile  Bexio Go (scan, QR, temps) Web & app (optimisé mobile) App smartphone incluse
 Pour qui ?  PME structurées  Indépendants / startups / PME  PME établies

 

 

Conclusion

Le marché suisse des logiciels de comptabilité offre aujourd'hui des solutions adaptées à tous les profils d'entreprise. Avant de faire votre choix définitif :

  • Testez plusieurs solutions pendant leur période d'essai gratuite
  • Consultez votre comptable pour connaître ses préférences et compatibilités
  • Évaluez vos besoins futurs pour éviter de changer de solution à court terme

Quel que soit votre choix, l'investissement dans un bon logiciel comptable représente un gain significatif en temps et en précision pour votre entreprise.

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Cet article a été rédigé par l'équipe de Sequence, spécialiste des solutions comptables pour entreprises suisses. Bien que nous proposions notre propre solution, nous avons à cœur de fournir une information équilibrée pour vous aider à faire le meilleur choix selon vos besoins spécifiques.