10 erreurs TVA qui coûtent cher (et comment les éviter)

Écrit par Sequence
en 4 min. de lecture
24 nov. 2025 18:04:57

 

10 erreurs TVA qui coûtent cher (et comment les éviter)

En Suisse, la TVA semble facile à gérer au début. Un taux, un décompte trimestriel, un formulaire en ligne. Et pourtant, chaque année, des milliers de PME et d’indépendants se retrouvent avec des rappels, des intérêts moratoires et parfois même des amendes.

La raison est simple : la TVA suisse a ses propres subtilités. Entre les taux normaux, réduits et spéciaux, les prestations transfrontalières et les seuils d’assujettissement, les pièges sont nombreux.

L’erreur ne vient pas forcément d’un manque de rigueur, mais du fait que le système est conçu pour des comptables expérimentés. Pour éviter les mauvaises surprises, voyons ensemble les dix erreurs les plus fréquentes et surtout comment les éviter.


Erreur 1 : S’assujettir trop tard

Beaucoup d’indépendants pensent qu’ils n’ont pas besoin de s’inscrire à la TVA avant de dépasser un certain seuil. En réalité, la loi exige de s’assujettir dès que le chiffre d’affaires prévu dépasse cent mille francs sur douze mois. Attendre la fin de l’année pour le faire peut déclencher un rappel rétroactif avec pénalités.

La meilleure pratique consiste à suivre votre chiffre d’affaires mensuel et à anticiper votre assujettissement. Un bon outil comptable, comme celui intégré à Sequence avec son Dashboard en direct vous permet de pouvoir anticiper.


Erreur 2 : Appliquer le mauvais taux

En Suisse, trois taux principaux s’appliquent : le taux normal, le taux réduit et le taux spécial hébergement. Facturer une prestation de service à 2,6 % au lieu de 8,1 %, c’est offrir une réduction involontaire à ton client et t’exposer à un rappel de TVA.

Il est essentiel de paramétrer correctement ton logiciel de facturation et de rester à jour sur les taux en vigueur. Sequence met automatiquement à jour les taux TVA pour chaque client afin d’éviter ces erreurs de saisie.


 

Erreur 3 : Déduire la TVA sur des dépenses non autorisées

Certaines dépenses professionnelles ne permettent pas de récupérer la TVA. C’est le cas de certains frais de représentation, des véhicules mixtes ou de certaines charges liées à des activités non assujetties. Beaucoup d’entrepreneurs déduisent tout sans distinction, pensant que “TVA payée = TVA récupérable”. C’est faux.

Une fiduciaire digitale comme Sequence vous aide à filtre automatiquement les transactions non déductibles, ce qui t’évite de rembourser plus tard des montants indus.


Erreur 4 : Négliger la TVA sur les services importés

Lorsque tu paies une agence étrangère, un logiciel SaaS ou un consultant basé à l’étranger, la TVA s’applique aussi en Suisse sous le principe de l’autoliquidation. Oublier de déclarer cette taxe peut générer une irrégularité lors du contrôle de l’AFC.


Erreur 5 : Mal déclarer la TVA trimestrielle

Beaucoup de dirigeants remplissent leur décompte TVA sans vérifier la cohérence entre la comptabilité et la déclaration. Des factures mal datées, des écritures en double ou des crédits de TVA oubliés peuvent créer des écarts coûteux.

Avec Sequence, le décompte est automatisé, contrôlé par un comptable et validé avant soumission à l’administration. Vous éliminez le risque d’erreur tout en gagnant un temps précieux.


Erreur 6 : Confondre chiffre d’affaires et encaissements

La TVA se calcule sur les prestations réalisées, pas uniquement sur les montants encaissés, sauf si vous êtes au régime de la contre-prestation reçue. Beaucoup d’entrepreneurs confondent les deux et reportent des montants incorrects. Cela fausse le calcul et peut entraîner un redressement.

La solution consiste à utiliser un ERP qui distingue automatiquement la comptabilisation des ventes et les paiements reçus. Sequence le fait en temps réel pour chaque transaction.


Erreur 7 : Rater les délais de décompte

Le décompte TVA doit être transmis dans les soixante jours suivant la fin du trimestre. Passé ce délai, l’AFC applique des intérêts de retard et peut lancer une procédure de rappel.

Les rappels sont fréquents, surtout chez les indépendants débordés. Avec Sequence, les décomptes sont transmis automatiquement, à temps, chaque trimestre. Vous n'avez pas à vous soucier du calendrier fiscal.


Erreur 8 : Oublier d’ajuster la TVA lors de changements d’activité

Un changement de statut juridique, une nouvelle ligne d’activité ou l’ajout d’un employé peuvent modifier ton assujettissement à la TVA. Beaucoup d’entreprises oublient de signaler ces changements et continuent à déclarer comme avant.

Sequence met à jour votre profil TVA dès que votre activité évolue, garantissant une conformité continue.


Erreur 9 : Mélanger dépenses privées et professionnelles

C’est l’une des erreurs les plus fréquentes chez les indépendants. Utiliser la même carte bancaire pour ses dépenses personnelles et celles de l’entreprise crée une confusion comptable et des erreurs de TVA.

Le logiciel Sequence sépare automatiquement les flux bancaires professionnels et privés, ce qui vous protège en cas de contrôle.


Erreur 10 : Gérer sa TVA sans supervision experte

Même avec un bon logiciel, une supervision humaine reste indispensable. Les contrôles de l’AFC sont rigoureux et peuvent remonter sur plusieurs années. Un calcul erroné ou une écriture manquante peut coûter plusieurs milliers de francs.

Avec Sequence, votre TVA est gérée par des experts-comptables suisses. Chaque décompte est vérifié avant envoi, et votre dossier reste prêt pour tout audit. C’est l’assurance d’une conformité totale et d’une tranquillité d’esprit permanente.


Conclusion : la TVA n’est pas une formalité

La TVA suisse est un domaine précis, complexe et souvent sous-estimé. L’erreur la plus coûteuse n’est pas celle qu’on fait une fois, mais celle qu’on répète sans le savoir.

Un bon partenaire comptable ne se contente pas de remplir un formulaire, il sécurise ton entreprise et évite les mauvaises surprises. Sequence simplifie la gestion TVA de bout en bout : collecte des données, calcul, validation, déclaration et archivage, tout en restant conforme aux exigences de l’administration fédérale.

 

 

Ne laisse plus la TVA devenir une source de stress ou de risques financiers. Découvre Sequence, la fiduciaire digitale suisse qui gère votre TVA, votre comptabilité et votre RH avec précision et transparence. Un prix fixe. Un contact unique. Zéro pénalité.